Ну с теми, которых в маркете нет - из бекапа-то их точно так же можно поставить. А обновляться они не будут сами в любом случае, независимо от бекапа. У меня частично решает эту проблему наличие Яндекс.Стора и F-Droid параллельно Play.

Забавно, кстати, что когда я восстанавливал приложения вместе с настройками с помощью Titanium Backup, все банковские приложения и OTP схавали бекап своих настроек и ничего не сказали, а какие-то обычные тулзы сбросились на дефолт.

Странно. По идее, всё должно переноситься бекапилками, а всякие Swiftkey вообще через облако синхронизируются.