Раньше на ubuntu 16.04 можно было поставить mysql 5.6 заменой названия версии дистрибудитва и он с 15.10 норм ставился. Теперь что-то сломали в зависимостях и mysql 5.6 был снесён при очередном обновлении.

Пробовал 5.7. Но т.к. в 5.7 починили/поломали работу с geometry, то лопатить код под 5.7 не хочется.
Поставил mariadb 10.2. И вздохнул спокойно. Всё работает и geometry в том числе.

PS Про geometry. Есть поля типа POINT, и в mysql 5.6 в эти поля можно было записать пустую строку. А 5.7 хочет видеть в этих полях только объект geometry. Вот такая обратная совместимость.